Pixel Tactics es un juego de combate táctico para dos jugadores. Cada jugador tiene un mazo idéntico de 25 cartas, desde el cual redacta a un líder. Las habilidades del líder alteran enormemente la estrategia y la jugabilidad de cualquier otra carta en el mazo, lo que hace que el juego sea jugable de 25 formas diferentes. En el juego, los jugadores se turnan para colocar cartas y atacar. Cada tarjeta puede activarse de varias maneras, asumir capacidades ofensivas en las filas delanteras de la unidad o soportar poderes en las filas posteriores. Las cartas también se pueden jugar como órdenes, poderosos efectos de un solo tiempo que pueden cambiar el rumbo de la batalla. El juego continúa hasta que el líder de cualquiera de los jugadores sea derrotado. Un juego típico es lo mejor de tres o cinco rondas. Tácticas de píxeles de Mega Man: Blue presenta 28 personajes de Mega Man 1-3, incluidos Mega Man, Dr. Light y Robot Masters, y estos personajes son compatibles con todos los demás juegos de tácticas de Pixel .